Hélène Ruffieux (EPFL 2020)

Un atlas de hotspots génétiques pour décoder les réseaux moléculaires des maladies complexes

L’exploration de la génétique humaine constitue désormais une étape clé pour développer de meilleurs outils diagnostiques et thérapeutiques applicables en clinique. Il a été suggéré que le risque et la progression de la plupart des maladies complexes pourraient être largement imputables à la présence de variants génétiques dits hotspots, qui exercent un contrôle subtil sur de nombreux traits moléculaires.

Cependant, les approches conventionnelles d’analyse d’association manquent de puissance statistique pour détecter les effets faibles, si bien que la description des hotspots sur le génome humain reste, à ce jour, très superficielle.
Le projet d’Hélène Ruffieux développe un cadre statistique rigoureux visant (1) à décrire un “atlas” de hotspots génétiques chez l’homme sain et malade (par exemple, maladies auto-immunes et infectieuses), et (2) à utiliser cet atlas comme point d’ancrage étudier la perturbation des réseaux moléculaires lorsque la maladie survient. Plus précisément, il propose des approches bayésiennes graphiques et de régression éparse pour la modélisation conjointe des effets de locus à caractères quantitatifs (QTL) et de leurs mécanismes de médiation. Il accorde également une attention particulière à l’adaptation des algorithmes à la complexité et au volume des données moléculaires, afin de produire des inférences robustes, efficaces et interprétables. Hélène Ruffieux et son équipe mènent ces travaux au MRC Biostatistics Unit de l’Université de Cambridge, en collaboration avec des instituts de recherche en biologie, science des données, mathématiques et médecine.